Shift_JISの「あああ」だけ書いたファイルを何故かeuc-jpと判別し、その後utf16などにたらい回しにされてたので、
http://yukihiro.nakadaira.googlepages.com/#chardet
から、gauche_guess(新BSDライセンス)を導入してみました。
http://repo.or.cz/w/MacVim/KaoriYa.git?a=commitdiff;h=e107a09ef830699a729f42c9a89eac9116fbbf3b;hp=1616b12553c8e6f0c3af883a40ad694335c89008
良好です。bom付きでも平気でした。