http://code.google.com/p/macvim-kaoriya/
20091020版をアップしました。MacVimの構造上ATOKとAquaSKKでの問題を(現時点では)回避するのが難しいので、デフォルトではインラインIM入力をdisableにしました。
環境設定の詳細パネルでインラインIM入力をenableにすることができます。
ことえりでは今のところ問題ありません。ATOKでも入力方法によっては問題ないようです。
IMまわりの不具合のため20090802版を使っていらっしゃる方は是非お試しくださいませ。